Na de val van de Sovjet-Unie, in het begin van de jaren negentig, ging met aan de hand van een geheim rapport van Joerovski op zoek naar de lichamen van de tsaar en zijn gezin. Er werden maar negen van de elf lichamen gevonden. Om te achterhalen wie er ontbraken, werden er twee onderzoeken gedaan:
Het eerste onderzoek was onder leiding van dokter Abramov, een Russische geleerde.
Uit zijn onderzoek kwam uit dat de lichamen van grootvorstin Maria en tsarevits Aleksej ontbraken.
Het tweede onderzoek was onder leiding van William Maples, een Amerikaanse onderzoeker.
Uit zijn onderzoek kwam uit dat de lichamen van grootvorstin Anastasia en tsarevits Aleksej ontbraken.
Wel waren beiden onderzoekers het erover eens dat niemand de executie kon hebben overleefd en dat de twee vermiste skeletten waarschijnlijk waren verbrand.
In het jaar 1998 werden de lichamen bij gezet in de crypte van de keizerlijke familie in de St. Petrus en Pauluskathedraal in Sint-Petersburg.
In augustus 2007 werd de mogelijke ontsnapping van de twee vermiste kinderen van de tsaar werd al snel na het vinden van menselijke resten in een graf van de Romanovs weerlegd.
In januari 2008 wisten Engelse onderzoekers te vertellen dat het om een jongen van ongeveer 13 jaar en een meisje van ongeveer 18 jaar ging.
Op 30 april 2008 bevestigden Russische onderzoekers dat het inderdaad om de restanten van tsarevits Aleksej en één van zijn zussen Anastasia of Maria, die op het moment van de executie 17 en 19 jaar oud waren, ging. De botten van de twee waren verbrand en met hen in het graf werden ook potscherven, resten zwavelzuur, een metalen strook van een houten kist en meerdere kogels van verschillende wapens gevonden. Ook werd er in het graf een stukje blauw-wit gestreepte stof gevonden. Aleksej droeg vaak een blauw-wit gestreept overhemd.