In het jaar 1990 werd het terrein door de lokale sovjets overgedragen aan het bisdom Jekaterinenburg. Na het uiteenvallen van de Sovjet-Unie kwamen al snel kruisen op het terrein te staan en werd een houten kapelletje gebouwd.
In het jaar 1991 werden de lichamen van de tsaar en zijn familie opgegraven.
In het jaar 1999 werd dit houten kapelletje vervangen door een nieuwe kapel. Ook boog de Russisch-orthodoxe Kerk zich over de vraag of de tsaar en zijn familie niet heilig moesten worden verklaard.
In het jaar 2000, na 8 jaar vergaderen, werden de tsaar en zijn familie tot strastoterpets verklaard en begon de bouw van de kathedraal op de plaats waar het Ipatjev-huis had gestaan.
In het jaar 2003 kwam deze ‘Kathedraal op het bloed’ gereed en werd geopend door de voormalige president Jeltsin, dit was dezelfde man die het Ipatjev-huis had laten slopen.
In het jaar 1998 werden de lichamen herbegraven in de Sint Petrus en Paulus Kathedraal in Sint Petersburg.